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Evtrace

操作手順

  1. BLAST による相同配列の検索 (Search for homologous sequences by BLAST)

    対象となるデータを入力して BLAST を実行します。

    1. まず、Input 欄の入力データフォーマットを選択します。入力可能なデータフォーマットはPDB ID、PDB 形式のファイル、FASTA 形式の配列データ、FASTA形式のファイルのいずれかです。
      2. PDB ID
      PDBのIDを小文字でテキスト入力欄に入力します。該当するPDB IDがあれば、そのPDBに含まれるchain IDのリストが表示されるので該当するchain IDを選択します。
      PDB format file
      ファイル選択ダイアログを使ってPDB形式の立体構造データのファイルを選択します。
      FASTA format file
      ファイル選択ダイアログを使ってFASTA形式のアミノ酸配列データのファイルを選択します。
      FASTA format text
      FASTA形式のアミノ酸配列データをテキスト入力欄に入力します。
    2. BLAST Parameters 欄で以下の BLAST オプションの設定を行います。
      Database
      検索するデータベース
      E-value
      相同配列の E-value 閾値
    3. [BLAST] ボタンをクリックして BLAST を実行します。
      実行するコマンド： blastp -query (input in FASTA format) -db (database name) -evalue (E-value)
  2. 相同配列に対する進化トレース法の実行 (Homologous sequences to query data)

    画面下部の表に BLAST の検索結果が表示されます（ID のリンクをクリックするとBLASTによるアラインメントを表示）。これらの相同配列のマルチプルアラインメントから近隣結合法に基づいて系統樹を作成し、さらに系統樹上で配列のグルーピングを行います。

    1. 進化トレースの対象とする相同配列を選択します。初期状態では identity・coverage のデフォルトの条件（identity: 20(%), coverage: 90(%)）を満たす配列が赤で表示され、左端のチェックボックスで選択されています。identity、coverage の条件を表のプルダウンメニューで変更するか、チェックボックスで個々の配列を選択／選択解除することにより対象とする配列を指定します。
    2. Evtrace parameters 欄で設定を行います。
      Multiple alignment method
      マルチプルアラインメントに使用するプログラムを選択する。使用可能なプログラムは clustalW2、MAFFT のいずれか。
      clustalW2 実行時オプション： -align -infile -outfile
      MAFFT 実行時オプション： --auto --clustalout
    3. [Exec trace] ボタンをクリックして進化トレースを実行します。
  3. 進化トレース法の結果表示 (Results of evtrace)

    進化トレース法の実行結果が表示されます。

    4. 【Parameters】
    配列グルーピング及びトレース残基クラスタリングのパラメータを変更します。
    Tident
    系統樹上の配列グルーピングの閾値。ある枝に含まれる配列間の一致度が全てこの値以上の場合はそれらの配列を同一グループと判定する。ラジオボタンで値を選択すると下の結果表示がこの値に対する結果に切り替わる。
    Tdist
    トレース残基のクラスタリングの閾値。クラスター間の距離がこの値より小さい場合はクラスターを統合する。入力後 [Change] ボタンをクリックするとクラスタリングが再実行される。※[Clustering TRs] 表示時のみ有効
    Tresnum
    トレース残基のクラスタリングの閾値。クラスタリング完了後、含まれる残基数がこの値未満のクラスターは除外する。入力後 [Change] ボタンをクリックするとクラスタリングが再実行される。※[Clustering TRs] 表示時のみ有効

結果の見方

以下の情報をタブクリックで入れ替えて表示します。

【Sequence group】
前画面で指定した配列のグルーピングの結果を配列リストで表示します。
【Multiple alignment (group)】
前画面で選択したプログラムによるマルチプルアラインメントの結果から各配列グループのコンセンサス配列及び入力配列を並べて表示します。下の [Download raw data] ボタンをクリックするとこのアラインメントがファイルとしてダウンロードできます。
【Multiple alignment (sequence)】
前画面で選択したプログラムによるマルチプルアラインメントの結果を表示します。アミノ酸配列は各グループごとに色分けされます。下の [Download the multiple alignment] ボタンをクリックするとこのアラインメントがファイルとしてダウンロードできます。
【Trace residues(TR)】
入力データのアミノ酸配列と立体構造上にトレース残基を表示します。ピンクに色分けされたアミノ酸残基はすべての配列で変化していない部位を、灰色に色分けされたアミノ酸残基はクラス特異的に保存されている部位を示します。
【Clustering TRs】
トレース残基に対して最短距離法によるクラスタリングを行った結果を表示します。クラスタリングされたアミノ酸残基はオレンジで、クラスタリングされなかったアミノ酸残基は青で色付けしています。また、surface accessibility が0.1未満のアミノ酸残基はタンパク質の内部に存在するとして黄色で示し、クラスタリングを行うトレース残基から除外しています。
【Tree】
グルーピングの結果を2つの形式の系統樹で表示します。
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