PreDom Help

DiD (Predict interface)

操作手順

1. 立体構造分類データベースの選択（Database 欄）
   • ラジオボタンをクリックして使用する立体構造分類データベースを選択します。
2. 予測対象データの指定（Input 欄）
   1. "[PDB format file]" の [選択…] ボタンをクリックし、ドメイン間相互作用部位を予測したい立体構造の PDB データファイルを指定します。
   2. [Find chains] ボタンをクリックすると、指定したデータに含まれるチェーンのリストが隣のプルダウンメニューに生成されるので、その中から対象とするチェーンの ID を選択します。
      （チェーンのリストをクリアするには [Reset] ボタンをクリックします。その際 [PDB ID] 欄も同時にクリアされます。）
3. パラメータの設定（Parameters 欄）

   • KIP methodの以下のパラメータを必要に応じて変更します。

     Threshold of sequence identity

     配列一致度の閾値。予測対象ドメインとの配列の一致度がこの値以上の既知ドメインを用いてドメイン間相互作用部位を予測します。この値が高くなるほど、結果が進化的により近い類縁関係の既知ドメインに絞られます。

     Threshold of sequence coverage

     配列の被覆率の閾値。予測対象ドメインによる被覆率（配列長の比）がこの値以上の既知ドメインを用いてドメイン間相互作用部位を予測します。この値が高くなるほど、結果が予測対象ドメインと配列長がより近い既知ドメインに絞られます。

     Threshold of sequence coverage

     BLAST実行時のE-valueの閾値。BLAST実行時のパラメータであるE-valueの値が、この値よりも小さい既知ドメインを用いてドメイン間相互作用部位を予測します。この値が小さいほど、より偶然では得られない配列類似性を持つ既知ドメインに絞られます。

   • IP methodの以下のパラメータを必要に応じて変更します。

     Threshold of IP score

     IPスコアの閾値。出現傾向値（ドメイン間相互作用部位での各アミノ酸残基の使われやすさ）にもとづいて計算されるIPスコアが、この値よりも大きいアミノ酸残基をドメイン間相互作用残基の候補とします。この値が大きいほど、ドメイン間相互作用残基の可能性がより高いものを候補とします。

     Threshold of residue contact

     ドメイン間相互作用残基候補どうしの接触の閾値。ドメイン間相互作用残基の候補を構成する原子間の距離がこの値未満の場合に、それらの候補残基は接触していると見なします。この値が大きいほど、予測されるドメイン間相互作用部位が多くなる傾向がありますが、偽陽性も多くなります。

     Minimum size of interface

     ドメイン間相互作用部位の最小の大きさ。接触しているドメイン間相互作用残基の候補の数がこの値よりも小さい場合は、それらをドメイン間相互作用部位とは見なしません。この値が小さいほど、予測されるドメイン間相互作用部位が多くなる傾向がありますが、偽陽性も多くなります。

4. 実行
   • [Start Prediction] ボタンをクリックしてドメイン間相互作用部位の予測を実行します。

結果の見方

【左下の表】

予測結果リストです。先に KIP 法による結果、その後に IP 法による結果を表示します。

項目名	内容
method	予測手法（KIP/IP）
homologous domain	相同ドメインID（KIP のみ）。リンクをクリックすると別ウィンドウでそのデータの立体構造及び配列を表示。（配列は予測対象ドメインと比較表示）
Identity/coverage	配列一致度／被覆率（KIP のみ）

【左上領域】

予測対象ドメインの配列です。左下表の左端のラジオボタンで選択された予測結果でドメイン間相互作用部位と判定された残基を水色で表示します。水色の残基にマウスオーバーすると、下の interaction residue 欄に残基名及び残基番号が表示されます。

【右図】

予測対象ドメインの立体構造です。ドメイン間相互作用部位を水色 cpk で表示します。左の配列でドメイン間相互作用部位の残基にマウスオーバーすると、その残基が白色に変わって立体構造上の位置を確認できます。

ラベル	操作
[cartoon][cpk]	ドメイン間相互作用部位以外の領域の表示形式を切り替える。
[spin]	チェックすると構造が自動で回転し、チェックを外すと停止する。

【上端チェックボックス（Definition of interface residues）】

ドメイン間相互作用部位の表示範囲を選択します。

チェックがない場合：

既知ドメインのドメイン間相互作用部位に対応する全ての残基を相互作用部位として表示します。

チェックした場合：

既知ドメインのドメイン間相互作用部位に対応する残基のうち、残基名が既知ドメインと一致した残基のみを相互作用部位として表示します。