PreDom Help

DiD (View interface)

操作手順

1. 立体構造分類データベースの選択（Database 欄）
   • ラジオボタンをクリックして使用する立体構造分類データベースを選択します。
2. 閲覧対象データの指定（Data ID 欄）
   1. "[PDB ID]" に閲覧したい構造データの PDB ID を入力します。
   2. [Find chains] ボタンをクリックすると、指定した PDB ID のデータに含まれるチェーンのリストが隣のプルダウンメニューに生成されるので、その中から対象とするチェーンの ID を選択します。
      （チェーンのリストをクリアするには [Reset] ボタンをクリックします。その際 [PDB ID] 欄も同時にクリアされます。）
3. 実行
   • [View] ボタンをクリックして実行します。

結果の見方

【左下の表】

指定した ID のデータに含まれるドメインのリストです。

項目名	内容
domain	ドメイン番号
show	表示／非表示の切り替え（チェックを外すと非表示）
scheme of interface residues	ドメイン間相互作用残基の表示形式の切り替え
residue number	ドメインの範囲（残基番号）
interface area	ドメイン間相互作用面の面積（単位：Å2） total: ドメイン間相互作用残基全体 core: コア相互作用残基のみ

【左上領域】

指定したデータの配列です。各ドメインで最も濃い色がコア相互作用残基、中間の色が周辺相互作用残基、最も薄い色が相互作用しない残基です。相互作用残基にマウスオーバーすると、下の interaction residue 欄に残基名及び残基番号が表示されます。

【右図】

指定したデータの立体構造です。最も濃い色がコア相互作用残基、中間の色が周辺相互作用残基です。左の配列で相互作用残基にマウスオーバーすると、その残基が白色に変わって立体構造上の位置を確認できます。

【右図下枠内】

左上の配列の各残基をクリックすると、ここにその残基の情報を表示します。