N-BIO BINDS

PreDom:Structureについて

個々のドメインの立体構造にもとづいて、マルチドメインタンパク質の全体構造の予測を行います。

  • もし既に相同なマルチドメインタンパク質の全体構造が決定している場合は、MODELLERを使ったホモロジーモデリングにより全体構造の予測を行います。
  • もし相同なマルチドメインタンパク質の全体構造が決定していない場合は、個々のドメインの立体構造をホモロジーモデリングにより予測します。それにより、２つのドメインの構造が得られた場合は、以下の様な手順でそれらの全体構造を予測します。
    1. ZDOCKによるドッキングシミュレーションにより、２つのドメインの配向の候補構造を複数作成します。
    2. それぞれのドメインの相互作用残基をPreDom:Interfaceと同様のアルゴリズムで予測します。
    3. ドメインをつなぐリンカーの残基長から、ドメインの末端間距離を推定します。
    4. ドッキングシミュレーションのスコア、予測されたドメイン間相互作用残基間の接触残基数、ドメイン末端間の尤もらしさをスコア化し、そのスコアをもとに候補構造の中から最終的な全体構造を選択します。

Input type:
Amino acid sequence
in FASTA format:
FASTA format file:
domain 1 PDB format file: chain:
domain 2 PDB format file: chain:
domain 3 PDB format file: chain:
domain 4 PDB format file: chain:
domain 5 PDB format file: chain:
domain 6 PDB format file: chain:
domain 7 PDB format file: chain:
domain 8 PDB format file: chain:
domain 9 PDB format file: chain:
domain 10 PDB format file: chain:
Whole amino acid sequence
Amino acid sequence
in FASTA format:
FASTA format file:
Parameters for DINE
KIP method Threshold of sequence identity: % Threshold of sequence coverage: % Threshold of BLAST E-value:
IP method Threshold of IP score: Threshold of residue contact: Å Minimum size of interface: aa.
Mail
Job name:

E-Mail:      

Sample PDB file (glucosamine 6-phosphate synthase)

  • glutaminase (N-terminal) domain: 1xff.pdb (chain A)
  • isomerase (C-terminal) domain: 1moq.pdb (chain A)

Sample FASTA sequence 

>gi|253797503|ref|YP_003030504.1| hypothetical protein TBMG_00576 [Mycobacterium tuberculosis KZN 1435]
MKLFDDRGDAGRQLAQRLAQLSGKAVVVLGLPRGGVPVAFEVAKSLQAPLDVLVVRKLGVPFQPELAFGA
IGEDGVRVLNDDVVRGTHLDAAAMDAVERKQLIELQRRAERFRRGRDRIPLTGRIAVIVDDGIATGATAK
AACQVARAHGADKVVLAVPIGPDDIVARFAGYADEVVCLATPALFFAVGQGYRNFTQTSDDEVVAFLDRA
HRDFAEAGAIDAAADPPLRDEEVQVVAGPVPVAGHLTVPEKPRGIVVFAHGSGSSRHSIRNRYVAEVLTG
AGFATLLFDLLTPEEERNRANVFDIELLASRLIDVTGWLATQPDTASLPVGYFGASTGAGAALVAAADPR
VNVRAVVSRGGRPDLAGDSLGSVVAPTLLIVGGRDQVVLELNQRAQAVIPGKCQLTVVPGATHLFEEPGT
LEQVAKLACDWFIDHLCGPGPSG