N-BIO BINDS

PreDom:Interfaceについて

ドメインの立体構造にもとづいて、２種類のアルゴリズムによりドメインインターフェースを構成するアミノ酸残基を予測します。

  • KIP: 指定したドメインと相同性の高い既知ドメイン（SCOP また は CATH）を検索し、既知ドメインにおけるドメイン間相互作用残基をユーザーの>ドメインに射影することで、ドメイン間相互作用部位を予測します。
  • IP: ドメインインターフェースを解析することで得られたインターフェース傾向値を用いて、相互作用部位を予測します。

Database SCOP CATH
Input
PDB format file: chain:
Parameters
KIP method Threshold of sequence identity: % Threshold of sequence coverage: % Threshold of BLAST E-value:
IP method Threshold of IP score: Threshold of residue contact: Å Minimum size of interface: aa.

Sample PDB file