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PreDom:Evtraceについて

タンパク質の進化情報と立体構造情報にもとづいて、タンパク質の機能部位予測を行います。

1. BLASTによる相同性検索により、指定したタンパク質との相同タンパク質を収集します。
2. 収集した相同タンパク質について、NJ法により系統樹を作成します。
3. 作成した系統樹にもとづいて、指定した配列一致度によりグループ化を行います。
4. 収集したタンパク質全体で保存されている部位、および、グループの中で指定した割合で保存されている部位を抽出します。
5. 抽出された部位の中で、タンパク質立体構造の表面で空間的に集中して存在しているものを同定します。

以上の解析により得られた保存残基、および、タンパク質表面上で空間的に集中している保存残基が機能部位の候補となります。